三句阶段，即因、根、究竟，或作因、行、果，是密宗实践从修因至佛果的三个阶段，也是对密宗思想的一个根本性的概括。三句本来出自《大日经住心品》，菩提心为因，大悲为根本，方便为究竟，意思是欲修密乘者，需发起清净菩提心，以大悲行愿，广作佛事，方便自在，垂化法界，成就佛果。以下分别略作阐释。

第一，菩提心为因。菩提心，梵文Buddhi-citta,意译觉心，又作无上正真道意、无上道心，也就是求无上菩提之心。在佛法中，菩提心为一切诸佛之种子，长养净法之良田，只有发起此心继而勤行精进，才能速成无上菩提。显密二宗都对发菩提心十分的重视，将其视为一切正愿之始、修行觉悟之根本。关于菩提心，各家的解释不尽相同。《大日经》中以如实知自心为菩提，也就是以人人本具之自性清净心为菩提心。《大日经疏》说：此心如幢旗，是修行导首，犹如种子，是万德本。黄教祖师宗喀巴认为，菩提心就是发心为利他，欲成等菩提，涵盖了两个方面的内容：利他和正觉。密教中的菩提心修法主要有两种：一种是依照七因果法，从感念生身母亲的恩德发起普度众生出离苦海的意愿；另一种是自他相换法，将贪著自利、不肯利他的心调换过来，推己及人，将心比心，做到像爱护和饶益自我一样地对待他人。发菩提心是修行密法的第一阶段，不可或缺，所以叫做菩提心为因，就这一点来说，密教与大乘佛教的精神是一致的。大乘佛教虽不明言菩提心为因，但在具体的修行过程中也将发菩提心视为修习佛法的至关重要的一步。

第二，大悲为根本。悲，梵文Karuna,意为拔苦，诸佛菩萨不忍十方众生受苦而欲拔济之，其心称大悲，也就是佛菩萨为救度众生痛苦而生的悲悯心。大悲是四无量心之一，《华严经》说有十种大悲心，《宝雨经》说佛有三十二种大悲心。大悲通常又与大慈并用，慈为与乐，拔苦与乐即菩萨所行之大慈大悲。慈悲是佛道门户、诸佛心念，对显密二宗来说是极为重要的一法。尤其密教将慈悲置于其他一切修行方法之上，视之为修行的根本。在密教中，普为无量佛事，称为大悲，大悲二字赅摄无量三密妙行，所以又称大悲万行。宗喀巴在《人中论善显密意疏》中说：大悲心亦是菩提心与无二智之根本。表明大悲心不但与菩提心及般若智慧同等重要，而且还是后二者的根本所依。修行密法者的一切活动，只有以慈悲心来统领与指导，才可以任运开发，从而产生真实的功德。因此，密教修行者在发起清净菩提心后，更需要培养发起大慈大悲之心，以慈悲心广作佛事，回向众生。

第三，方便为究竟。方便，梵文updya,意为善权、变谋，指巧妙地接近、施设、安排等。究竟，梵文Uttara,事理之至极，也就是佛法修行的最终境界。佛教所说的方便主要指佛菩萨应众生之根机，用种种方法施予化益，诱引众生入于真实法，故又称权假方便、善巧方便。既然是诸佛菩萨为教化众生所用的权益方法，那么只要有利于众生的觉悟，不论清净的善法还是染污的恶法，都可以采用。以清净善法示与众生，可以使之随顺；以染污恶法示与众生，可以使之远离。在大乘佛教中，方便法门的使用是为了证悟真理，而不是成佛的最终境界。但在密教思想体系中，这种认识发生了变化。密教主张三密相应、即身成佛，以手结印，口诵真言，心住三摩地，即可与大日如来相应，佛与众生则完全成为一体，故在众生肉身上，便可登上佛究极之果位，成就一切事业。这种思想理论是密宗所独有的，在其指导下，方便就不再作为教化众生的手段和权宜之计，而被视为佛菩萨威德的显现与大用，被抬高到了三密之根源，醍醐之妙果的地位，并为密教修行者开启了一切方便之门。例如，戒杀、盗、淫等是大小二乘佛教共同遵守的根本戒律，一般情况下密教也是遵守的，但在特殊情况下，为了解脱众生的恶业果报，密教行者可以不受所有这些戒律的约束，而采取非常的行动以达到利益众生的目的。再如，佛教显宗以淫欲为障道法，严格禁止，而密宗无上瑜伽部则以此为修道法，认为染欲也有调伏的功能。《金刚顶经》中说：奇哉性清净，随染欲自然，离欲清净故，以染而调伏。密教以乐空双运思想为基础的双身修法，就是以淫欲为修道方便，从而达到以欲制欲的目的。以方便为究竟是密教的不共法，其根本目的在于摄护众生，而不是满足私欲，这也是密宗最有可能被误解误用的地方。菩提心为因、大悲为根本是方便即究竟的基础，作为密宗修道的三个阶段，三者是不可分割的整体，这是正确理解密宗在修行方式上之所以不择手段的关键。