金陵大报恩寺位于南京城南古长干里，即今南京市中华门外的雨花路东侧。大报恩寺是明成祖朱棣为纪念父亲朱元璋和母亲而建的一座皇家寺院，其前身是东吴赤乌年间( 238-250)建造的建初寺及阿育王塔。建初寺是江南建立的第一座佛寺。明代大报恩寺是中国的佛教中心，与灵谷寺、天界寺并称为金陵三大寺，下辖百寺。

明清两代，三藏殿一直是大报恩寺中重要的组成部分。寺院中部分布了两个院落，偏北的院落是寺院管理机构的所在地，主要包括方丈室、库房等。偏南的院落名为禅堂，包括请经房、三藏殿、观音殿、静室等建筑，这里是僧人学习佛法、参禅静修的场所。明代三藏殿和埋藏着玄奘法师顶骨舍利的白塔相邻，因此以三藏为名。太平天国时期，大报恩寺塔塌寺毁，地面建筑几乎荡然无存。清末有僧人重建了三藏殿，一直保留至今，这时的三藏殿已不单单是一座殿堂，而是以三藏殿为主殿的一片建筑群。从2015年起，南京建初寺在原大报恩寺三藏殿的建筑基础上逐步恢复并开放，以学教和修持为根本，弘扬其作为江南首寺的修学传统，传承千年佛脉。

在报恩寺设立义学，教育僧徒自古有之。《憨山老人自序年谱实录》一书记载：明隆庆四年(1570)，憨山大师22岁时，报恩寺住持于三藏殿设义学，教僧徒，请予为教师，授业行童一百五十余人。予因是复视左传、诸子古文辞。三藏殿作为大报恩寺学修之所，历来有高僧大德开设讲席，为后学讲经说法，答疑解惑。如憨山大师在。《憨山老人年谱自叙》中记述他在十二岁时，从南京报恩寺西林永宁禅师出家。当时，无极明信禅师正在报恩寺三藏殿讲经。永宁禅师于是携德清禅师前往礼谒。

《憨山老人梦游集西林大和尚传》记载：

初请先师云谷和尚，住三藏殿，教诸习禅者，于是始知有禅宗。数年先师去隐栖霞，适守愚先师南来。五台陆公为祠部主政，谓祖翁曰：顷见高僧守愚法师，讲演甚明，当请至寺，教习僧徒。翁即礼请先师，居三藏殿，设常住供赡，选僧数十众，日亲领往听讲，从此始知向佛法。

西林永宁禅师那时是大报恩寺住持，也是僧官，见到江南佛法不兴，僧众不学经藏而为文人墨客所轻慢，故请云谷法会禅师来三藏殿教习禅法，后来又请华严宗守愚法师讲授贤首教法。在这里憨山、雪浪第一次遇到了对他们以后影响巨大的恩师守愚法师。憨山后于慈恩寺禅堂听守愚大师讲《华严悬谈》恍然了悟法界圆融无尽之旨意，并受证于守愚大师。清代弘方法师所作《贤首宗乘》一书记载了守愚大师将华严宗法脉付嘱于雪浪洪恩法师。三藏殿的讲经为憨山后来的证悟以及雪浪继承光大华严宗结下了善缘，种下了菩提。

《憨山老人梦游集雪浪法师传》记载了雪浪法师登座讲经：

尽扫训诂俗习，单提本文，直探佛意，拈示言外之旨，恒教学人，以理观为入门。由是学者耳目，焕然一新。且以慈摄之，以威折之，一时聪明特达之士，无不出其座下。始终说法，几三十年，每期众多万指。

可见到雪浪一代，南京讲学风气复兴矣。