《如来藏经》是现存最早专门讲述佛教如来藏思想的佛教经典。这一佛典原文不存，梵本《究竟一乘宝性论》中曾引该经部分梵文段落。汉译本现存东晋佛陀跋陀罗译的《大方等如来藏经》(一卷)和唐代不空译的《大方广如来藏经》(一卷)。不空译本较佛陀跋陀罗译本内容详细。另外，相传西晋时法炬曾译此经，但未流传下来。此经亦有藏译本。

《如来藏经》(佛陀跋陀罗译本)中说：“佛言：善男子，如佛所化无数莲花忽然萎变，无量化佛在莲花内，相好庄严结加趺坐，放大光明。众睹希有靡不恭敬。如是善男子，我以佛眼观一切众生，贪欲恚痴诸烦恼中，有如来智、如来眼、如来身，结加趺坐，俨然不动。善男子，一切众生虽在诸趣烦恼身中，有如来藏，常无染污，德相备足如我无异。又善男子，譬如天眼之人，观未敷花，见诸花内有如来身结加趺坐，除去萎花便得显现。如是善男子，佛见众生如来藏已，欲令开敷为说经法，除灭烦恼，显现佛性。”

在这里，大乘佛教明确提出了一切众生中有如来藏的思想，这如来藏处在诸趣烦恼身中，但却常无染污，也就是说它的自性是清净的。文中没有说“心性清净”，但却谈到，灭除了烦恼，可以显现佛性。众生中有佛性的观念，实际上是从众生中有清净心性的观念发展而来的。佛性被认为是清净的，而清净不清净的标准，在佛教看来，自然是以佛教的善恶观念来定的。所谓清净心，应该就是能修成佛教中的善果之心，也可以说就是能修成佛教正果之性。众生在本质上都有修成佛教正果的清净心，灭除了烦恼，也就显示出了原本就具有的清净心，在小乘佛教中称为自性清净心，在大乘中则一般称为佛性，也就是如来藏。

《如来藏经》在论述如来藏时，一共用了九个比喻。除了上引文里的萎花中有佛的比喻外，在后面又举出了其余八个比喻，认为如来藏在众生之中，就如同岩树中的蜂蜜、皮壳中的粳粮、不净处的真金、贫家的珍宝、庵罗果中的果种、弊秽物中的金像、贫贱女所怀的贵子、铸模中的金像一样，自身是珍贵的。这些比喻都是要强调如来藏虽有烦恼等遮覆，但却自性清净。